Así es como me ha quedado el código que calcula el valor de Correlación cruzada que tiene cada ventana de la imagen 1 en relación con las ventanas de la imagen 2.
double valorCorrelacionCruzada=0;
for(int i=0;i<VentanasEnImagen1.size();i++){
valorCorrelacionCruzada = 0;
for(int j=0;j<VentanasEnImagen2.size();j++){
for(int pto=0;pto<VentanasEnImagen1.get(i).ValoresGris.size();pto++){
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